北京自然博物館では、科学者グループが積極的に厳密な研究と調査を行う。当館は動物学、植物学や古生物学の研究室がある。研究室には高等な機器や設備を装備されている。近年、当館の科学者は多くの国家自然科学基金と北京自然科学基金にサポートされたプログラムを達成し、科学論文や著書を数多く出版する。