北京自然博物館は、1951年に設立された中央自然博物館準備委員会から生まれた。1962年に「北京自然博物館」と正式に命名された。中華人民共和国の自分の力で設立された最初の大規模な自然史博物館で、当館は三つの主要な機能を遂行する：コレクションを採取、古生物学、動物学、植物学や人類学の学術研究と科学の普及。現在、当館は豊富なコレクション、高レベルの研究と、優秀な展示を誇りに思っている。中国における重要な自然史博物館の一つとなって、「中国青少年科学技術教育基地」と命名された。

北京自然博物館では、科学者グループが積極的に厳密な研究と調査を行う。当館は動物学、植物学や古生物学の研究室がある。研究室には高等な機器や設備を装備されている。近年、当館の科学者は多くの国家自然科学基金と北京自然科学基金にサポートされたプログラムを達成し、科学論文や著書を数多く出版する。